La construction de la Basilique est liée à la sépulture de saint Antoine. Les citoyens de Padoue ont mis en place le chantier, mais ce sont les frères franciscains du couvent voisin qui en ont conçu le projet et dirigé la construction. La basilique Saint-Antoine est un édifice unique, dans lequel trois styles différents – comme prévu dès la conception du projet – fusionnent parfaitement : le roman lombard, solide et massif ; le gothique des ogives et de la verticalité de l’intérieur ; et le style byzantin des coupoles. Ce dernier rappelle la basilique Saint-Marc à Venise et les basiliques de Constantinople.
Dès sa conception, la Basilique a été pensée comme une grande machine symbolique, capable de préparer les fidèles à franchir le seuil qui sépare le monde profane du monde sacré, et de les accompagner pas après pas le long d’un itinéraire à la fois intérieur et architectural, jusqu’à la rencontre avec Jésus Christ.