Der Bau der Basilika ist mit dem Begräbnis des hl. Antonius verbunden. Die Bürger von Padua waren für die Eröffnung der Baustelle verantwortlich, aber es waren die Franziskaner-Minoriten des nahe gelegenen Klosters, die den Bau leiteten und den Entwurf geplant hatten. Die Antonius-Basilika ist ein weltweit einzigartiges Bauwerk, in dem drei Stile, die bereits in der Planungsphase vorgesehen waren, perfekt miteinander verschmelzen: die solide und massive lombardische Romanik, die Gotik der Spitzbögen und der nach oben strebenden Bauweise des Innenraums sowie der byzantinische Stil der Kuppeln, der an den Markusdom in Venedig und die Basiliken von Konstantinopel erinnert.
Von Anfang an wurde die Basilika als großes symbolisches Werk konzipiert, das die Gläubigen auf das Überschreiten der Schwelle zwischen der profanen und der sakralen Welt vorbereiten und sie Schritt für Schritt auf einem inneren und architektonischen Weg zur Begegnung mit Jesus Christus begleiten soll.