Le maître-autel que nous voyons n’est pas la structure originale réalisée par Donatello, mais le dernier de plusieurs remaniements au cours des siècles. L’actuel aspect du maître-autel est celui réalisé par Camillo Boito en 1895, qui a rassemblé tous les bronzes de Donatello dispersés dans la Basilique lors de précédents réaménagements. Les 30 bronzes coulés par Donatello pour l’intérieur de la Basilique entre 1443 et 1453 sont conservés ici. Sur l’autel, de part et d’autre de la Vierge, six statues représentent trois saints franciscains et trois saints padouans, dans l’ordre de gauche à droite : saint Louis d’Anjou, sainte Justine, saint François, saint Antoine, saint Daniel et saint Prosdocime.
Représentés comme des hommes et non comme des saints, leur sainteté est intérieure, ils appartiennent à une autre dimension et ce n’est pas un hasard s’ils ont été réalisés en bronze, le métal sombre du monde du mystère, la matière de l’éternel.