Il y a quatre Cloîtres, presque tous construits au XVe siècle.
Le premier est le Cloître du Chapitre ou du Magnolia, datant de 1435, qui reliait les lieux où se déroulaient les moments les plus importants de la vie des frères : la basilique, la salle capitulaire et les deux réfectoires, où se trouve aujourd’hui.
Vient ensuite le Cloître du Général, construit immédiatement après le Cloître du Magnolia, qui abrite aujourd’hui l’administration papale et d’où l’on peut accéder à la bibliothèque antonienne.
Le Cloître du bienheureux Luc, le dernier à avoir été construit, dans la seconde moitié du XVIe siècle, présente encore un plan gothique, même s’il est soutenu par des colonnes de style Renaissance. On y trouve la statue de Lorenzo Quinn, fils de l’acteur Anthony, qui représente saint Antoine jouant le rôle de médiateur entre l’Enfant Jésus et les fidèles, tandis que sur le côté sud se trouve l’accès aux musées antoniens.
Enfin, le Cloître du Noviciat, qui n’est pas ouvert: sa construction remonte à 1472, financée en partie par le pape Sixte IV della Rovere, qui avait fait son noviciat à Padoue.