El Museo Antoniano es el lugar de la Memoria, en el que se recogen muchos objetos que dan testimonio de la antigua historia de la decoración interior de la Basílica, y otros relacionados con el culto y la iconografía del Santo. El actual Museo Antoniano fue inaugurado en 1995, pero su fundación se remonta a un siglo antes. Aunque de reducidas dimensiones, recoge piezas de principios del siglo XIV en adelante, auténticos tesoros artísticos, realizados para la Basílica y para el conjunto conventual a lo largo de su historia centenaria, que comenzó en el lejano 1232 con la colocación de la primera piedra para la construcción de la Basílica.