Hay cuatro claustros, casi todos construidos en el siglo XV.
El primero es el Claustro del Capítulo o de la Magnolia, de 1435, que comunicaba los espacios donde tenían lugar los momentos más importantes de la vida de los frailes: la Basílica, la Sala Capitular y los dos Refectorios, donde hoy se encuentra la Penitenciaría.
Le sigue el Claustro del General, construido inmediatamente después del Claustro de la Magnolia, que hoy alberga la Administración Pontificia y desde el que se accede a la Biblioteca Antoniana.
El Claustro del Beato Lucas, el último en construirse, en la segunda mitad del siglo XVI, conserva el trazado gótico, aunque está sostenido por columnas de estilo renacentista. Aquí se encuentra la estatua de Lorenzo Quinn, hijo del actor Anthony, que representa a San Antonio mediando entre el Niño Jesús y los devotos; mientras que en el lado sur se encuentra el acceso a los Museos Antonianos.
Por último, el Claustro del Noviciado, que está cerrado al público. Su construcción se remonta a 1472, financiado en parte por el Papa Sixto IV della Rovere, que había hecho su noviciado en Padua.