Wir befinden uns jetzt in der Kapelle der Schwarzen Madonna, dem alten Kirchlein Santa Maria Mater Domini, der ersten Kirche, die der Bischof von Padua den Franziskanern schenkte. Hier hat Antonius gelebt und gebetet; hier wurde er begraben und seine sterblichen Überreste blieben 32 Jahre lang, bis 1263, hier bestattet.
Auf dem Altar befindet sich die Statue, die der Kapelle ihren Namen gibt: die Statue der „Madonna Mora“ aus bemaltem Stein, die von den Gläubigen sehr geliebt wird. Sie wurde 1396 von Rinaldino di Francia angefertigt und erhielt ihren Namen wegen ihrer orientalischen Züge.