I chiostri, costruiti quasi tutti nel Quattrocento, sono 4.
Il primo è il Chiostro del Capitolo o della Magnolia, del 1435, che collegava gli ambienti dove si svolgevano i momenti più importanti della vita dei frati: la Basilica, la Sala Capitolare e i due Refettori, dove oggi si trova la Penitenzieria.
Segue il Chiostro del Generale, fatto realizzare subito dopo il Chiostro della Magnolia, che ospita oggi l’amministrazione pontificia e dal quale si accede alla Biblioteca Antoniana.
Il Chiostro del Beato Luca, l’ultimo ad essere realizzato, nella seconda metà del ‘500, ha un impianto ancora gotico, pur retto da colonne in stile rinascimentale. Qui troviamo la statua di Lorenzo Quinn, figlio dell’attore Anthony, raffigurante Sant’Antonio che fa da mediatore tra Gesù Bambino e i devoti; mentre sul lato meridionale troviamo l’accesso ai Musei Antoniani.
Infine il Chiostro del Noviziato, non aperto al pubblico: la sua costruzione risale al 1472, finanziata in parte da papa Sisto IV della Rovere, che proprio a Padova aveva vissuto il noviziato.